O Ministério da Saúde define um Centro de Referência como um serviço, departamento ou unidade de saúde, reconhecido como o expoente mais elevado de competências na prestação de cuidados de saúde de elevada qualidade em situações clínicas que exigem uma concentração de recursos técnicos e tecnológicos altamente diferenciados, de conhecimento e experiência, devido à baixa prevalência da doença, à complexidade no seu diagnóstico ou tratamento e/ou aos custos elevados da mesma, sendo capaz de conduzir formação pós- graduada e investigação científica nas respetivas áreas médicas.
O reconhecimento do Centro Hospitalar Universitário Lisboa Norte, por parte do Ministério da Saúde, como Centro de Referência Nacional em 17 áreas e pela União Europeia como membro de 10 Redes Europeias de Referência (ERNs) é um exemplo evidente da promoção da qualidade de excelência dos cuidados de saúde impulsionada por um ambiente médico académico como aquele em que está inserido o Centro Hospitalar Universitário Lisboa Norte.
O processo de integração nessas redes é fortemente dependente dos resultados combinados da educação médica, da pesquisa clínica e básica e da qualidade e volume da assistência médica prestada.