O Centro de Referência de FQ para além da atividade assistencial e tendo em conta a sua estreita ligação à Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, no âmbito do Centro Académico de Medicina de Lisboa e a sua integração na Rede Europeia de Ensaios Clínicos da Sociedade Europeia de Fibrose Quística, desenvolve atividade de formação e investigação. Tem também protocolos com outras instituições de ensino/investigação incluíndo escolas de enfermagem a nível nacional no âmbito da Especialidade de Enfermagem de Reabilitação. 

 O Centro tem uma linha de investigação consolidada na área da FQ mantendo uma colaboração, desde há vários anos, com a Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa e o Grupo de investigação em Fibrose Quística. O trabalho de investigação desenvolvido pelo Centro de Referência está refletido em várias publicações em revistas indexadas e com fator de impacto e na participação em vários ensaios clínicos nesta área no âmbito da Rede Europeia de Ensaios Clínicos da Sociedade Europeia de Fibrose Quística.