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Em 1992, foi criado o Grupo de Cirurgia de Epilepsia do HSM (GCE-HSM) destinado a estudar os casos de epilepsia refratária numa perspetiva cirúrgica. A primeira cirurgia da epilepsia foi efetuada, com êxito, em Outubro desse ano. O número de doentes estudados e o número de cirurgias efetuadas cresceram paulatinamente durante os primeiros anos. Inicialmente o Grupo tinha reuniões mensais, as quais, posteriormente, passaram a quinzenais; foram sempre reuniões abertas, às quais, para além dos elementos das diferentes áreas envolvidas, assistiam frequentemente colegas de outras instituições para apresentar casos. O GCE-HSM, com a constituição e estrutura atuais, iniciou a sua atividade no ano de 2000, e muitos dos elementos de então transitaram para o atual. Em 2017 foi feita candidatura a Centro de Referência Nacional e Europeu, tendo obtido a certificação pela EpiCare em 9/3/2017 e pela DGS em 17/10/2017.
